В первой половине XIII столетия на территориях, расположенных в среднем течении реки Ногаты, появились первые миссионеры Тевтонского ордена. За ними шли отряды рыцарей с черными крестами на белых плащах. В начале 1280-х гг. на берегу реки началось строительство крепости, получившей название «город Девы Марии» — Мариенбург. На протяжении почти тридцати лет возводились цитадель, четырехугольный Дом конвента с капеллой, Зал капитула, дормиториум — корпус жилых келий, огромная трапезная и комплекс предзамковых укреплений. В 1309 г. в Мариенбург перенес свою резиденцию Великий магистр Тевтонского ордена Зигфрид фон Фойхтванген.
Вскоре выяснилось, что в существующем виде Мариенбург слишком тесен и не соответствует роли столицы сильнейшего государства Прибалтики. В результате длившейся в течение сорока лет перестройки вместо Дома конвента появился Верхний замок-монастырь, окруженный глубокими рвами и двумя линиями крепостных стен. Над ним поднялись башни собора Девы Марии с капеллой Св. Анны, служивший местом погребения великих магистров Тевтонского ордена. Территорию комплекса предзамковых укреплений занял Средний замок. Среди его построек выделялся огромный рефлекторий — трапезный зал, служивший для приемов многочисленных гостей Мариенбурга. Здесь же находились дворец великих магистров и госпиталь с богадельней для старых и увечных рыцарей. В XIV—XV вв. был построен Нижний замок, окруженный каменными стенами с многочисленными башнями. Его территорию заняли многочисленные дома для слуг и хозяйственные и вспомогательные постройки, в том числе монументальное здание Карвана — арсенала, и капелла Св. Вавжинца.
Могучие стены и несколько линий укреплений все же не смогли защитить Мариенбург — в 1457 г. он был взят польскими войсками и на четыре столетия вошел в состав Польши. Название замка было переиначено на польский лад — Мальборк, а его коменданты (старосты) назначались непосредственно королем. При этом Верхний замок утратил свой монастырский характер и стал использоваться в качестве цитадели. В его башнях хранились порох и ядра, запасы провизии, здесь же размещался хозяйственный двор. В Среднем замке располагался гарнизон. Однако теперь Мальборк оказался слишком большим для рядового пограничного укрепления. На его содержание ежегодно требовались большие средства, которых в польской казне хватало далеко не всегда, поэтому постепенно замок начат приходить в упадок.
Войны со Швецией, которые вела Польша в XVII столетии, не нанесли замку большого ущерба. Лишь в 1644 г. в результате пожара рухнули кровли и своды Верхнего замка, которые спустя несколько лет были восстановлены. В XVII в. помещения Матьборка были частично переделаны для размещения королевского двора, а в 1756 г. замок был отдан ордену иезуитов, которые построили здесь здание коллегиума.
В сентября 1772 г. в Мальборк вошли прусские войска. Замок снова получил свое прежнее название Мариенбург. Здесь разместился крупный военный гарнизон, для чего часть средневековых построек пришлось разобрать, а другие перестроить. В огромном рефлектории устроили манеж для верховой езды, а дворец великих магистров заняли прядильная фабрика и общежитие для ткачей. Всевозможные перестройки и переделки замка велись на протяжении двадцати последующих лет, в результате чего его облик был обезображен до неузнаваемости, часть построек попросту исчезла.
Судьба старинной столицы Тевтонского ордена всерьез обеспокоила общественность Германии. В 1803 г. водной из берлинских газет появилась статья Макса фон Шенкендорфа. молодого поэта-романтика, который горячо выступил в защиту немецкого культурного наследия. Его призыв возымел действие: уже в следующем году прусский кабинет министров запретил все строительные работы в Мариенбурге. Но к восстановлению замка смогли приступить лишь после окончания наполеоновских войн, в 1816 г.
Реставрационные работы до 1850 г. возглавлял архитектор Август Герсдорф, которому помогали живописец и архитектор Фридрих фон Шинкель, историк Иоганн Фойт и мариенбургский пастор Людвиг Хеблер, большой знаток истории замка и Тевтонского ордена. И хотя работа Герсдорфа и его коллег впоследствии подверглась критике, им все же удалось сдвинуть с мертвой точки дело восстановления замка и осуществить многие сложные работы, связанные с восстановлением первоначального облика Мариенбурга.
Реставрационные работы в замке растянулись почти на столетие. Только в 1900 г. закончилось восстановление Верхнего замка, в 1918 г. — Среднего замка. В 1922 г. завершилось восстановление дворца великих магистров, которым руководил известный немецкий архитектор-реставратор Бернхард Шмидт. В 1931 г. закончились работы на последнем объекте — башне Новых ворот, известной также под названием башни Гинденбурга.
После прихода Гитлера к власти Мариенбург являлся местом частых сборищ функционеров нацистской партии. В мае 1940 г. здесь была организована торжественная встреча Прусского знамени — хоругви Тевтонского ордена, захваченной поляками в битве при Грюнвальде и хранившейся как трофей в Вавельском замке в Кракове. Этим знаменем нацистские вожди «благословляли» отправлявшихся на Восточный фронт сопливых юнцов из «гитлерюгенда» — последний резерв агонизирующего Третьего рейха. Вместе с ним приближалась и агония нацистского Мариенбурга — весной 1945 г. он превратился в арену ожесточенных боев, которую вела оперативная группа «Мариенбург» с частями советской 2-й Ударной армии. В ходе этих сражений 80 процентов построек замка было разрушено.
После войны Мариенбург снова стал польским Мальборком. Уже в конце 1940-х гг. в замке начались восстановительные работы, в основном завершенные к 1957 г., когда праздновалось 500-летие вхождения Мальборка в состав Польши. С 1961 г. в замке открыт музей, являющийся ныне одним из самых крупных и известных музеев страны. В 1997 г. Мальборк вошел в число объектов Всемирного культурного наследия.
